Éduqué à l'Institut Cántabro de Santander, il déménage à Madrid en 1852 pour y étudier, visant éventuellement à y intégrer le corps d'artillerie. Après trois ans, il retourne dans sa région natale et commence sa carrière littéraire en écrivant pour le journal local La Abeja montañesa à partir de 1858. Il collabore également à l'hebdomadaire El Tío Cayetín. En 1864, il publie Escenas montañesas (« Scènes cantabres »).
Pereda s'oppose à la révolution de 1868 dans El Tío Cayetín, écrivant le journal presque à lui seul.
En 1871, José Pereda est élu comme député carliste de Cabuérniga. La même année, il publie une deuxième série de scènes de montagnes intitulée Tipos y paisajes. En 1876, il publie Bocetos al temple, composé de trois fables dans lesquelles l'auteur décrit son désenchantement politique.
En 1877, il publie Tipos trashumantes et El Buey suelto. Dans ce dernier ouvrage, il tente de répliquer à la thèse développée par Balzac dans les Petites misères de la vie conjugale. De plus en plus pessimiste quant à l'avenir politique de son pays, Pereda ridiculise la révolution dans Don Gonzalo González de la Gonzalera (1879).
En 1883, il publie Pedro Sánchez, dans lequel il fait un portrait de la désillusion de la classe politique de la capitale. Deux ans plus tard, il publie son chef-d’œuvre Sotileza, un compte-rendu de la vie marine.
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