Fils de parents Zainichis, des Coréens habitant au Japon, il a les nationalités japonaise, sud et nord-coréenne car sa mère est originaire de Corée du Sud et son père de Corée du Nord[2]. Enfant, il fréquente les écoles du Chongryon, l'association des Coréens du Japon, association avec de forts liens avec la république de Corée du Nord[2]. Il entre ensuite à l'université tout en jouant comme attaquant dans l'équipe japonaise Kawasaki Frontale. Il marque deux buts, en , dans les dix dernières minutes du second match contre les Dragons de Chunnam, qui entraîne quasiment l'élimination de cette équipe de la Ligue des champions asiatique[3].
En , il est signé par le FC Cologne pour un contrat de 2 ans. Il devient ainsi le premier joueur nord-coréen dans la Bundesliga, la plus haute ligue de football allemande. L'équipe vit pourtant une saison difficile et descend au Championnat d'Allemagne de football D2. En un an, Jong Tae-Se ne participe qu'à onze matchs qu'il ne joue presque jamais au complet et ne marque ainsi aucun but.
Lors de la pause hivernale en , Jong Tae-Se est échangé aux Suwon Samsung Bluewings. Les experts parlent d'une somme d'environ 200 000 euros que le FC Cologne aurait reçue, mais aucun chiffre officiel n'est publié. Lors de ses sept premiers matchs officiels dans la K League Classic, la plus haute ligue de football sud-coréenne, Jong Tae-Se a beaucoup de succès et se démarque avec cinq buts dont un coup du chapeau. Il se blesse durant l'été, mais marque trois buts en trois matchs lors de son retour au jeu en automne.