Jonathan Guatibonza est originaire de Paipa, une commune située dans le département de Boyacá. Il commence le cyclisme à l'âge de huit ans lorsque son père l'inscrit sur sa première course. Dans un premier temps, il se consacre au BMX. Il délaisse toutefois cette discipline vers ses treize ans pour privilégier les compétitions sur route[1],[2].
En 2019, il s'impose sur une étape de la Vuelta del Futuro, réservée aux participants cadets (moins de 17 ans)[3]. Deux ans plus tard, il triomphe sur une étape de la Vuelta del Porvenir, disputée par des cyclistes juniors (moins de 19 ans)[4]. Il est également sélectionné en équipe nationale pour participer aux championnats du monde juniors.
