Lors de ses quatre saisons espoirs (moins de 23 ans), Jon Agirre court au sein de divers clubs basques. Décrit comme un bon grimpeur, il s'illustre principalement dans le calendrier amateur. Il termine par ailleurs quatrième du Tour du Portugal de l'Avenir en 2018[1].
En 2019, il est sélectionné à plusieurs reprises en équipe nationale d'Espagne. Il se classe notamment en juin onzième de l'Orlen Nations Grand Prix, manche de la Coupe des Nations espoirs[2]. Deux mois plus tard, il se distingue lors du Tour de l'Avenir en terminant septième d'une étape au col de la Loze, puis sixième le lendemain à Tignes[3]. Ses passages en tête lors de cols répertoriés lui permettent de remporter le classement de la montagne[4].
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