À la fin des play off 2012-2013 Anderlecht est sacré champion. Il s'agit du 1er titre de Van Den Brom depuis le début de sa carrière d'entraineur. Par la même occasion, il qualifie son club pour la Ligue des champions 2013-2014.
Sa deuxième année à la tête du RSC Anderlecht est compliquée. Avec un effectif assez jeune, il essuie des revers en championnat et ne montre pas grand-chose en Ligue des champions. Il garde cependant la confiance de ses dirigeants et effectue du bon travail à la tête de l'équipe. En , il est démis de ses fonctions après avoir concédé sa 9e défaite de la saison 2013-2014, face à l'avant-dernier du classement, Oud-Heverlee-Leuven.
AZ Alkmaar
Le , il signe un contrat de deux ans à l'AZ Alkmaar où il succède à Marco van Basten, celui-ci préférant faire un pas de côté pour raisons de santé. Il termine la saison à la 3e place avec 62 points et qualifie le club pour les tours préliminaires de la Ligue Europa.
Le , Van den Brom prolonge son contrat jusqu'en avec option pour une année supplémentaire.
Le 10 décembre 2018, les médias annoncent que John Van den Brom quittera l'AZ en fin de saison, ce que confirme le néerlandais.
Durant les 5 saisons passées à l'AZ Alkmaar, John Van den Brom aura permis au club de participer 2 fois aux compétitions européennes et à atteindre 2 fois la finale de la coupe des Pays-Bas.
Durant sa première saison à Utrecht, le club flirte avec les places européennes.
Le championnat est toutefois arrêté définitivement après la 26e journée en raison de la pandémie de COVID-19.
Le club est à ce moment classé 6e sur 18 (à 1 place et 2 point de la première place européenne).
Il qualifie les limbourgeois pour les PO1 en finissant quatrième du championnat régulier. Durant ces PO1, il qualifie le club au troisième tour préliminaire de la Ligue des champions en finissant deuxième et vice-champion de Belgique.
Il remporte également la coupe de Belgique à la fin de la saison.
Le 6 décembre 2021, John Van den Brom est limogé pour résultats décevants (8e du championnat au moment de son éviction).
Al-Taawoun FC
Le 31 mars 2022, John Van den Brom est nommé entraîneur principal du club saoudien Al-Taawoun FC, luttant pour son maintien en 1ere division.
Le néerlandais a signé un contrat jusqu'à la fin de la saison 2022-2023.
Le 8 mai 2022, John Van den Brom est limogé après 3 défaites consécutives.
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