Il revient à McGill en 1944, où il dirige la construction d'un cyclotron de 100 MeV. Cet instrument est mis en service en 1949. À l'époque, c'est le deuxième plus grand au monde. De 1952 à 1954, il est directeur du département de physique à McGill. Il est décédé à Berkeley, en Californie.
Le laboratoire de rayonnement et cyclotron John Stuart Foster à McGill est nommé en son honneur en 1964 et cela est gravé sur le côté du bâtiment maintenant connu sous le nom de bâtiment MH Wong.
Son fils, John S. Foster Jr., est diplômé de l'Université de Californie en 1948, puis devient directeur du Laboratoire national Lawrence Livermore, directeur de la recherche et de l'ingénierie de la défense pour le département américain de la Défense et vice-président de TRW, Inc.
