John McKee fait ses premiers pas en tant qu’entraîneur avec le club des Melbourne Harlequins en Dewar Shield au début des années 1990[2]. Il occupe également le rôle d’entraîneur de l'équipe représentative de l'État de Victoria[2].
En 1996, il devient l'entraîneur de l'Eastwood Rugby Club, qui évolue dans le Shute Shield[1]. Avec cette équipe, il entraine des joueurs comme Matt Burke ou Daniel Manu, et remporte le championnat pour la première fois de l'histoire du club en 1999[1],[3].
En 2000, il rejoint le club français de l'AS Montferrand en Top 16 où il est l'adjoint de Tim Lane la première saison, avant d’assister Steve Nance la saison suivante[4],[5]. Lors de ses deux saisons passées avec cette équipe, il est finaliste du championnat en 2001 et remporte la Coupe de la Ligue la même année.
En 2014, il est nommé sélectionneur de l'équipe des Fidji, où il remplace Inoke Male licencié pour raisons financière[10]. Il dirige la sélection fidjienne lors de la Coupe du monde 2015 en Angleterre, où ils se font remarquer pour la qualité de leur jeu, malgré une poule difficile (trois défaites et quatre matchs) et une élimination précoce[11]. Il prolonge ensuite son contrat avec la fédération fidjienne jusqu'à la Coupe du monde 2019[12]. McKee fait progresser considérablement cette équipe, notamment dans l'organisation et le jeu d'avants, et remporte la Pacific Nations Cup à quatre reprises en 2015, 2016, 2017 et 2018[1],[2].