Il passe quatre saisons en Ligues mineures avant d'effectuer ses débuts en Ligue majeure le 12 avril2008. À cette occasion contre les Cardinals de Saint-Louis, il devient le huitième joueur de l'histoire de la franchise à réussir un coup de circuit lors de sa première partie en majeures[2]. Bowker passe la majorité de la saison 2008 chez les Giants, où il maintient une moyenne au bâton de 0,255 avec 10 circuits et 43 points produits en 111 parties jouées. En défensive, il est surtout utilisé au premier but.
En 2009, il commence la saison en ligues mineures et est rappelé en juillet pour quelques semaines[3]. Il revient en fin de saison, mais sa production offensive est peu convaincante : en 31 parties pour San Francisco, il ne frappe que pour ,194 avec 2 circuits et 7 points produits. Il patrouille généralement le champ gauche des Giants durant cette saison.
Libéré par Philadelphie le , il prend le chemin du Japon pour jouer dans la NPB[6].
Il frappe pour ,235 en 174 matchs joués au total pour les Yomiuri Giants en 2012 et 2013, cognant 17 circuits[7].
En 2014, il rejoint les Tohoku Rakuten Golden Eagles, pour qui il frappe pour ,248 de moyenne au bâton avec 7 circuits en 65 matchs[7].
De retour aux États-Unis, Bowker passe la saison 2015 en ligues mineures avec les Indians d'Indianapolis et les River Cats de Sacramento, des clubs affiliés aux Pirates de Pittsburgh et aux Giants de San Francisco, respectivement[7].