En il est nommé secrétaire au Trésor par le présidentLula, poste qu'il occupe jusqu'en 2006. Il n'a toutefois jamais été membre du Parti des travailleurs[1].
De 2010 à , Joaquim Levy est président de Bradesco Asset Management mais quitte ses fonctions dès sa nomination au ministère des Finances, en 2015. À ce poste, il mène le virage austéritaire, décidé par la présidente, afin de réduire les déficits, coupant pour cela dans les dépenses sociales (notamment le programme phare de son prédécesseur Lula, « Bolsa Familia »), d'éducation et l'investissement[2].