Durant sa carrière, Jean Baeza joue principalement en faveur de l'AS Cannes (de 1962 à 1966 puis de 1974 à 1977) et de l'Olympique lyonnais. Partenaire de Raymond Domenech à Lyon de 1970 à 1974, il est en défense centrale le pendant de Ljubomir Mihajlović avec qui il forme à cette époque, la charnière redoutable et redoutée du club des bords de Saône.
Après sa carrière, Jean Baeza s'installe à Cannes où il crée la société « Hygienarôme Services » spécialisée dans la mise au point et la commercialisation de produits ménagers ainsi que dans l'entretien des locaux et autres copropriétés. Sa société est aujourd'hui dirigée par sa fille et son fils, Sacha Baeza.
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