Jean-Louis Ferrary s'intéresse à l'histoire des relations entre Rome et le monde grec, à l'histoire des institutions, du droit et de la législation de la Rome ancienne, à l'histoire des idées et de la philosophie politiques antiques, à l'épigraphie latine et grecque d’époque romaine, à la philologie latine et à l'historiographie. Il est notamment spécialiste de Polybe et de Cicéron[5].
Philhellénisme et impérialisme. Aspects idéologiques de la conquête romaine du monde hellénistique, Rome, BEFAR, 1988[9]
Onofrio Panvinio et les Antiquités romaines, Rome, Collection de l’École Française de Rome, 1996[10]
Recherches sur les lois comitiales et sur le droit public romain, Pavie, Pavia University Press, 2012[11]
Les mémoriaux de délégations de Claros, d’après la documentation conservée dans le Fonds Jeanne et Louis Robert, Paris, De Boccard, 2015[12]
Rome et le monde grec : Choix d'écrits, Paris, Les Belles Lettres, 2016[13]
Dall'ordine repubblicano ai poteri di Augusto : aspetti della legislazione romana, Rome, L'Erma di Bretschneider, 2016
Quintus Mucius Scævola : Opra [co-éditeur avec Emanuele Stolfi], Rome, L'Erma di Bretschneider, coll. « Scriptores iuris Romani », 2018
Ouvrages collectifs
Die späte römische Republik. La fin de la République romaine : Un débat franco-allemand d’histoire et d’historiographie, Rome, Collection de l’École Française de Rome, 1997
L'idée de l'Europe au fil de deux millénaires, Paris, Beauchesne, 1997
Les cités d'Asie mineure occidentale au IIe siècle a.C., Bordeaux, Ausonius, 2001
Fondements et crises du pouvoir, Bordeaux, Ausonius, 2003
Citoyenneté et participation à la basse époque hellénistique, Paris, Droz, 2005
Une koinè pontique : Cités grecques, sociétés indigènes et empires mondiaux sur le littoral nord de la mer Noire (VIIe s. a.C.-IIIe s. p.C.), Bordeaux, Ausonius, 2007
Le Principat d'Auguste : Réalités et représentations du pouvoir, Autour de la Res publica restituta, Rennes, Presses universitaires de Rennes, 2009
Administrer les provinces de la République romaine, Rennes, Presses universitaires de Rennes, 2010
La Diplomatie romaine sous la République : Réflexions sur une pratique, Besançon, Presses Universitaires de Franche-Comté, 2015
L'homme et ses passions, Paris, Les Belles Lettres, 2016
↑Voir le compte-rendu de Jean Andreau : « Jean-Louis Ferrary, Philhellénisme et impérialisme : aspects idéologiques de la conquête romaine du monde hellénistique », Annales. Économies, Sociétés, Civilisations, 1992, vol. 47, n° 2, pp. 410-412 lire en ligne
↑Jean Andreau, « Jean-Louis Ferrary, "Philhellénisme et impérialisme. Aspects idéologiques de la conquête romaine du monde hellénistique" », Annales. Économies, Sociétés, Civilisations, vol. 47, no 2, , p. 410-412 (lire en ligne)
↑Nicolette Brout, « Ferrary (Jean-Louis). "Onofrio Panvinio et les Antiquités romaines" », Revue belge de philologie et d'histoire, vol. 76, no 1, , p. 220-221 (lire en ligne)