Il est choisi comme ingénieur de vol de l'équipage de réserve de Soyouz MS-16. En février 2020, l'équipage titulaire se retrouvant indisponible en raison de la blessure d'un de ses membres, Vagner est affecté à cette mission avec le commandant Anatoli Ivanichine et l'ingénieur Christopher Cassidy[2]. Les trois hommes s'envolent le pour participer aux expéditions 62 et 63 de la Station spatiale internationale.