Né à Kozani en Grèce, Ioánnis Amanatídis est formé en Allemagne, avec deux clubs basés à Stuttgart, le Stuttgarter SC, puis le VfB Stuttgart. C'est avec ce dernier qu'il fait ses débuts en professionnel, jouant son premier match le , à l'occasion d'une rencontre de Coupe Intertoto face au Neuchâtel Xamax. Il entre en jeu à la place de Silvio Meißner ce jour-là et se fait remarquer en inscrivant également son premier but en professionnel, participant à la large victoire de son équipe par six buts à un[1].
Le , Ioánnis Amanatídis honore sa première sélection avec l'équipe nationale de Grèce, face à l'Irlande. Il entre en jeu à la place de Vasílios Tsiártas et les deux équipes se neutralisent sur un score nul de zéro à zéro[2].
