Une contribution significative à la philosophie de la science, en particulier au sujet de la vérisimilitude ou de l'approximation de la vérité, est son Truthlikeness (Synthese Library, Springer, 1987). Une autre publication notable est Critical Scientific Realism (Oxford University Press, 2002).
Dans les années 1990, Niiniluoto ainsi que d'autres employés de l'université ont organisé une plaidoirie au consistoire de l'université pour abolir les restes ecclésiastiques des cérémonies universitaires.
Ilkka Niiniluoto, Jan Woleński et Matti Sintonen, Handbook of epistemology, Dordrecht Boston, Kluwer Academic Publishers, , 1052 p. (ISBN978-1-4020-1985-2, lire en ligne)
