Le Van Nes escorte le sous-marinK XIII à Surabaya pour y être réparé après une explosion de batterie dans le port de Singapour le , où trois hommes ont été tués dans l'explosion. Ils atteignent Surabaya le .
Le , le Van Nes est coulé au sud de l'île de Bangka en escortant le navire de transport de troupesSloet van Beele. Les deux navires sont coulés par des avions du porte-avions japonais Ryūjō. 68 hommes du Van Nes décèdent dans cette attaque et de nombreux survivants sont sauvés par des hydravions du Marine Luchtvaartdienst.