Il a été créé dans le but de réunir dans un unique bâtiment les six hôpitaux qui existaient alors dans la ville.
La première pierre a été posée en 1402 en présence du roi Martin Ier d'Aragon, et les travaux se sont prolongés jusqu'au XVIIIe siècle, c'est pourquoi l'hôpital combine des éléments gothiques, renaissance et baroque. Dans le projet initial attribué au maître Arnau Bagués, le bâtiment devait se composer de quatre nefs de deux étages et former un rectangle, mais seuls trois nefs ont été édifiées, de sorte que le cloître est resté ouvert sur un de ses côtés.
À la fin du XIXe siècle, l'hôpital était débordé par la croissance de la ville et les nouvelles avancées en médecine et hygiène, c'est pourquoi il a été décidé le transférer dans un nouveau lieu : l'Hôpital de Sant Pau, célèbre édifice moderniste bâti de 1902 à 1930.