Rentré au Pérou, où il accepte la charge de vicaire d'une paroisse d'un quartier pauvre de Lima, il revoit et reconstruit toute sa théologie à partir du peuple simple qu'il côtoie quotidiennement. Il s'investit auprès des plus pauvres tout en donnant des cours à l'université pontificale au Pérou et dans un grand nombre d'universités européennes et nord-américaines[1].
L'apôtre de la théologie de la libération
Ainsi se développe sa réflexion qui se structure et s'articule dans un livre considéré comme la pierre de touche de la théologie de la libération: en 1971 il publie sa Teología de la liberación qui sera rapidement traduit en une vingtaine de langues. À ce titre, il est considéré comme l'un des fondateurs de la Théologie de la libération, élaborant une pensée fondée sur la solidarité avec les plus pauvres, la justice sociale, la paix dans le monde et la dignité humaine. Dès lors, il n'a de cesse d'encourager les instances ecclésiales à s'engager dans un combat pour plus de justice sociale, et à développer la spiritualité de l'option préférentielle pour les pauvres[2].
Si son livre est le premier grand traité théologique sur le sujet, le mouvement comme tel, sous son influence et avec le soutien de nombreux évêques latino-américains imprégnés de l'esprit du concile Vatican II, progresse rapidement au point d'occuper largement les débats de la Conférence épiscopale latino-américaine (CELAM) réunie à Medellin en 1968 pour faire passer dans la vie de l'Église les décrets du concile récemment conclu.
Cette théologie de la libération (avec sa praxis), grâce surtout à la place centrale qu'elle donne au peuple de Dieu, est perçue comme répondant aux attentes du concile et est adoptée par la CELAM afin de lutter contre la pauvreté, et revitaliser les communautés ecclésiales du vaste continent sud-américain.
Le , il soutient une thèse de doctorat en théologie à l'université catholique de Lyon[3] "sur l'ensemble de ses travaux". Le jury était composé de : Gérard Defois (recteur de l'université), Henri Bourgeois (doyen de la Faculté de théologie), Maurice Jourjon (doyen honoraire), Christian Duquoc (directeur de thèse et dominicain), Jean Delorme, Bernard Sesboué (professeur de l'institut catholique de Paris, membre de la Commission internationale de théologie), et Vincent Cosmao (membre du Conseil pontifical Justice et Paix). Le jury lui a adressé la mention « Très honorable »"[4].
En 1998 (il a 70 ans), il entre chez les dominicains et effectue son noviciat au Couvent du Saint-Nom-de-Jésus de Lyon (France). En 2001, il fait ses premiers vœux, et en 2004, fait sa profession solennelle d'engagement définitif dans l'Ordre dominicain[5]. Il retourne ensuite dans son pays.
2009 : le Maître de l'ordre des prêcheurs, le T.R.P. Carlos Azpiros Costa, op, l'institue Maître en Sacrée Théologie après que, dans une lettre datée du , le cardinal Ratzinger, préfet de la Congrégation pour la Doctrine de la Foi, rend « grâce au Très-Haut pour la conclusion satisfaisante du chemin de clarification et d'approfondissement de son œuvre »[8],[9].