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La « guerre des évêques » oppose leurs partisans respectifs : les princes protestants et le Magistrat de Strasbourg d'une part, la Maison de Lorraine catholique d'autre part.
Le conflit est tranché une première fois par la diète en 1593 puis à nouveau une seconde fois par le traité de Haguenau, le . La paix signée en 1604 aboutit à un compromis : l'évêque de Strasbourg sera le candidat catholique. Il continuera à vivre à Saverne et à bénéficier des revenus et des droits sur les terres épiscopales. La république de Strasbourg, sa cathédrale et ses terres demeureront luthériennes (jusqu'en 1681 lors de l'annexion française de Strasbourg). La ville de Strasbourg devra dédommager le candidat luthérien Jean Georges de Brandebourg.
