Né à Montevideo en Uruguay, Gonzalo Pérez est formé par l'un des clubs de la capitale uruguayenne, le Liverpool Fútbol Club. Le , il signe son premier contrat professionnel avec le club[1]. Il joue son premier match en professionnel le , en championnat, contre le CA Rentistas. Il est titularisé en défense centrale ce jour-là, et les deux équipes se neutralisent (1-1)[2],[3].
Pérez joue son premier match de Copa Libertadores le contre les équatoriens de l'Universidad Católica. Il est titulaire et son équipe l'emporte sur le score de deux buts à un[4],[5].
CA Lanús
Le 2 août 2023, Gonzalo Pérez rejoint l'Argentine afin de s'engager en faveur du CA Lanús[6].
