Lorsque son père est décédé sans laisser d'héritier mâle, il est remplacé en tant que prince d'Anhalt-Köthen par son oncle Auguste-Louis d'Anhalt-Köthen. Cependant, Gisèle Agnès revendique son titre allodial et porte l'affaire devant la Chambre impériale. Le prince Jean-Auguste d'Anhalt-Zerbst obtenu une médiation et un compromis où Gisèle est indemnisée par une somme de 100000talers plus et une rente annuelle jusqu'à son mariage. Elle reçoit également de son père la collecte des armes et des pièces de monnaie et une autre de 32000talers pour la succession de Prosigk, Klepzig et Köthen.
Elle épouse le à Bernbourg son cousin, le prince Léopold II d'Anhalt-Dessau (1700-1751). Le mariage est décrit comme très heureux. La mort de sa femme attriste Léopold II, qui a déjà une santé fragile, et il meurt huit mois plus tard. Elle est enterrée dans l'Église sainte-Marie, à Dessau.
Descendance
De son mariage avec Léopold II, Gisèle Agnès a les enfants suivants:
