Lorsqu'il succède en 1304 à son frère, Malines vient de rentrer sous l'obéissance de Thiébaut de Bar, évêque de Liège, le Saint-Siège ayant condamné Jean II, duc de Brabant et suzerain des Berthout, à restituer la seigneurie à l'évêché de Liège, sous peine d'excommunication. Les Berthout viennent de perdre là leur principal appui, et Gilles craint que l'évêque refuse de reconnaître les droits acquis par ses ancêtres sur Malines.
Gilles Berthout se soumet aux exigences de l'évêque qui, de son côté comprend qu'il doit ménager son puissant avoué. Toutefois, le titre de seigneur de Malines lui est enlevé, et l'évêque l'appelle simplement Berthout de Malines. Mais Gilles reste toujours très allié au duc de Brabant, qui espère bien récupérer ses droits sur Malines, qui pour le moment est favorable à l'évêque de Liège.
Gilles meurt sans postérité, le ; son oncle paternel Florent Berthout lui succède.
