Le club passe 14 saisons en Liga Sagres (1re division).
Il obtient son meilleur résultat en D1 lors de la saison 2021-2022, où il se classe 5e du championnat, avec 13 victoires, 12 matchs nuls et 9 défaites.
Lors de la saison 1997-1998, le club, qui évolue en deuxième division, réussit la performance d'atteindre les quarts de finale de la Coupe du Portugal. La même chose se produit lors de la saison 2007-2008, alors que le club évolue une nouvelle fois en deuxième division.
Lors de la saison 2005-2006, Gil Vicente remonte en 1re division, lors de cette saison le club utilise un joueur non autorisé. Mateus, évoluant alors au FC Lixa, aurait bénéficié d'un contrat amateur à la suite d'un contrat pro. Il signe à Gil Vicente comme professionnel, ce qui n'est pas permis si le statut d'amateur n'a pas duré au moins un an. La ligue portugaise refuse la qualification du joueur, mais Gil Vicente conteste cette règle et se présente devant les tribunaux civils, arguant que le fond de l'affaire a trait au travail et pas au sport. Le club obtient gain de cause en justice et aligne Mateus en matches officiels.
Les rivaux du club dans la course au maintien, Belenenses en tête, s'emparent de l'affaire, et déposent réclamation auprès des juridictions sportives. Celles-ci leur donnent raison, et envoient Gil Vicente en D2. Après de multiples menaces de blocage, et une paralysie du championnat lors des premières journées de la saison 2006-07, le club accepte son sort et prend part à la 5e journée de D2 portugaise.
Par la suite, Gil Vicente utilise tous les moyens juridiques à sa disposition pour reprendre sa place en première division, mais la fédération exclut également le club de la Coupe du Portugal pour une saison. L'affaire se prolonge en coulisses, et en 2011, Gil Vicente retrouve la première division, mais redescend en 2015. Par la suite, l'affaire Mateus connait un nouveau dénouement. Le , la fédération portugaise de football prend le relais de la Ligue, et parvient à un accord pour réintégrer le club de Gil Vicente en Liga NOS. Son retour est fixé pour la saison 2019-2020[5].
Le , Gil Vicente fait son retour en Liga NOS, mettant un terme à un imbroglio juridique de plus de 12 ans.
Personnalités du club
Effectif actuel
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