Fils de Kurt Dockx(nl), cycliste professionnel en 1982 et 1983[1], Gert Dockx naît le 4 juillet 1988. Il pratique le cyclisme à partir de l'âge de treize ans, au Hoboken WAC[2],[3]. Il est membre de ce club jusqu'en 2005, en catégories aspirants, débutants, puis en première année juniors[2]. Son cousin Aaron Dockx est également coureur cycliste.
En 2006, il rejoint l'équipe Avia. Il se distingue cette année comme l'un des meilleurs juniors belges[3]. Il remporte la deuxième étape et le classement final du Grand Prix Général Patton, en, au Luxembourg, et se classe 4e de l'Etoile du Sud-Limbourg, 2e du Tour de Toscane juniors, du Circuit de Wallonie, 3e de Ledegem-Kemmel-Ledegem, 4e du Trofee van Vlaanderen[3], et huitième du championnat du monde sur route juniors. L'année suivante, il passe en catégorie espoirs (moins de 23 ans) dans l'équipe Beveren 2000, associée à Avia afin d'y faire évoluer ses meilleurs juniors[4]. Il s'impose cette année-là au Circuit Het Volk Espoirs, à Zottegem, puis, en 2008, la troisième étape de la Ronde de l'Isard d'Ariège.
En 2014, il doit à nouveau renoncer aux classiques à cause d'une blessure. Tombé lors de la course À travers Drenthe en mars, il souffre d'une clavicule fracturée[7]. De retour en compétition, il dispute le Tour d'Italie. À la fin de la saison 2014, le contrat qui le lie à son employeur est prolongé pour l'année suivante[8].
En juin 2015, il se fracture à nouveau une clavicule et un coude, en tombant lors du Critérium du Dauphiné[9]. Il reprend la compétition en août[10]. Son contrat est à nouveau prolongé pour un an[11].
Lors d'un entraînement en Espagne en février 2016, Dockx ainsi que son coéquipier Thomas De Gendt sont percutés et blessés par une voiture[12]. Un mois plus tard, il chute avec son coéquipier Frederik Frison à l'arrivée de la Nokere Koerse. Il souffre à nouveau d'une fracture du coude qui le rend indisponible pour six semaines[13]. Le 13 décembre 2016, il met un terme à sa carrière.