Établie à 423 mètres d'altitude, la gare de Porrentruy est située au point kilométrique (PK) 112,87 de la ligne de Delémont à Delle, entre les gares de Courgenay et de Courchavon.
L'arrivée du chemin de fer dans la ville devient concret, en 1869, avec l'achat d'un terrain pour construire une gare, par le comité du chemin de fer Porrentruy-Delle. L'ouverture du chantier de construction, avec la pose de la première pierre, a lieu le [1]. La gare de Porrentruy est mise en service le par la Compagnie du chemin de fer de Porrentruy à Delle (PD), lorsqu'elle ouvre à l'exploitation sa ligne vers la frontière entre la Suisse et la France, et la gare de Delle[2].
En 2017, le buffet de la gare, propriété des CFF, est fermé d'août à novembre pour d'importants travaux, concernant principalement la modernisation de la cuisine et des sanitaires, mais aussi un « rafraîchissement » du bar et du restaurant. L'inauguration a lieu le et l'établissement ouvre de nouveau avec le même gérant[3].
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