La gare est inaugurée le sous le nom de gare de Shijō. Elle devient souterraine en 1987.
La gare est renommée gare de Gion-Shijō en 2008 pour marquer sa proximité avec le quartier de Gion et éviter la confusion avec la station Shijō du métro de Kyoto.
Service des voyageurs
Accès et accueil
Gare souterraine, elle dispose d'une salle d'échange avec guichets. Elle est ouverte tous les jours.