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Le FC Pinar del Río est un animateur du championnat cubain jusqu'à sa relégation en 2010. Il est invité à participer au championnat en 2013 mais est à nouveau relégué l'année suivante. Malgré une grande tradition de football qui l'a vu remporter sept titres de champion (voir palmarès), le club peine à retrouver l'élite, victime entre autres de la réorganisation administrative de 2010 qui voit la province de Pinar del Río être amputée de trois municipalités (Candelaria, Bahía Honda et San Cristóbal), zone qui concentrait le stade du club (le Capitán San Luis surnommé La Bombonera), l'Académie provinciale de football ainsi que l'un des publics les plus fidèles du pays[2]. Néanmoins, près de quatre ans après leur relégation, les Pinareños finissent par remonter en première division en remportant l'édition 2018 du Torneo de Ascenso (l'équivalent de la D2 cubaine)[3].
Au niveau international, il s'est distingué en 1989 et 1990 en atteignant deux fois d'affilée la finale de la Coupe des clubs champions de la CONCACAF où il est battu par les clubs mexicains de Pumas UNAM et América, respectivement[4]. À la suite de son dernier titre en championnat, en 2006, il est invité à disputer l'année suivante le CFU Club Championship où il est en revanche éliminé dès le 1er tour.