Fritz Naef commence sa carrière de hockeyeur au HC Davos en 1949.
Après cinq saisons avec le club grison, Naef rejoint le Lausanne HC en 1954. Il participe à la promotion du club en LNA lors de la saison 1956-1957. Après cette promotion, il termine deux fois meilleur compteur de LNA, lors des saisons 1958-1959 et 1959-1960.
En 1960, il quitte le LHC et rejoint le Servette HC. Après la fusion du Servette HC avec le HC Genève et la montée en LNA du Genève-Servette HC en 1964, il est à nouveau meilleur compteur de LNA, pendant quatre saisons consécutives, entre 1964-1965 et 1967-1968. Il gagne aussi quatre titres de vice-champion de Suisse, au cours des saisons 1965-1966 à 1968-1969. Il joue son dernier match en Ligue nationale A le 15 février 1969 contre le HC La Chaux-de-Fonds.
Entre 1952 et 1965, Fritz Naef est international 51 fois, marquant 52 buts. Il participe à quatre championnats du monde (1955, 1956, 1961 et 1962) ainsi qu'aux Jeux olympiques d'hiver de 1956[2] au cours desquels il marque six buts[3].
Le 21 janvier 1967, il inscrit 8 buts contre Neuchâtel Sports-Young Sprinters, ce qui fait de lui le codétenteur actuel du record de nombre de buts marqués par un seul joueur dans un match de NLA[4].
Le 25 septembre 2004, le Genève-Servette HC retire le maillot 6, numéro porté par le joueur durant ses neuf saisons genevoises[5].
