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Il termine en 1804 ses études d'histoire naturelle et de sciences naturelles à l'université de Halle. Sa thèse porte sur Specimen de vegetabilium imprimis felicum propagatione et lui permet d'obtenir le titre de docteur en médecine. Il est invité en 1806 à aménager le parc du château de Gorenki(ru) du comte Razoumovsky (ancien ministre de l'instruction publique) à côté de Moscou. Grâce à Fischer, le parc devient fameux en Europe. De plus des botanistes viennent y étudier. Fischer dirige le jardin, jusqu'en 1822. Depuis 1812, il est également professeur-adjoint de botanique à l'université de Moscou.
En 1823, après que le jardin des Apothicaires de Saint-Pétersbourg est transformé en véritable jardin botanique et devient le jardin botanique impérial, Fischer en est nommé le directeur[1]. Il garde cette fonction, jusqu'en 1850, faisant du jardin un lieu renommé pour les botanistes européens qui y envoient le résultat de leurs collectes.
