L'équipe féminine du FC Rot-Schwarz Thoune est fondée en 1978. Après deux saisons le club est promu en deuxième division, en 1986 il joue la première fois en première division (NLA). Le club fera ensuite plusieurs aller retour entre les deux divisions. À partir de la saison 2004-2005, il arrivera à s'établir en première division puis remportera en la coupe de Suisse en s'imposant 8-0 en finale contre le FC Schlieren[1]. Après encore une saison sous le nom FC Rot-Schwarz Thoune, l'équipe première et les U18 rejoignent le FC Thoune, le plus grand club de la ville, et jouent sous le nom FC Thun Berner Oberland. Après cinq saisons, le club revient à ses origines, le FC Rot-Schwarz, et joue sous le nom Frauenteam Thoune Berner Oberland.