Inscrit au barreau du Cap en 1895, il n'exerce jamais sa profession d'avocat et devient rédacteur en chef du journal Ons Land publié en langue néerlandaise.
Il épouse Gerbrecht Johanna Brummer (1871-1926) en septembre 1897. De leur union nait Jacques Malan en 1898 et Wilhelmina Tokai Malan (née en 1903).
En 1900, Malan est élu à l'assemblée du Cap sous les couleurs de l'Afrikaner Bond dont il devient ensuite le chef. En 1908, il quitte son poste à Ons land pour devenir ministre de l'agriculture de la colonie du Cap dans le gouvernement de John X. Merriman. Partisan de la réconciliation entre Afrikaners et Britanniques d'Afrique du Sud, il soutient aussi une politique progressiste concernant les populations de couleur. Lors des négociations constitutionnelles de 1909, il propose sans succès que le système électoral du Cap, octroyant sous condition le droit de vote aux noirs, soit étendue aux 3 autres colonies britanniques du Transvaal, du Natal et de l'Orange. En 1910, il est élu au parlement de l'Union sud-africaine, rejoint le parti sud-africain et devient ministre de l'Éducation de Louis Botha. En 1912, il devient ministre des Mines et en devient ministre de l'Agriculture dans le gouvernement de Jan Smuts. Il est Premier ministre par intérim durant 8 mois à l'occasion du déplacement de Botha et Smuts en Europe lors de la conférence de Paris en 1919.
Veuf depuis 1926, il épouse Anna Elizabeth Jacoba Brummer (1875-1967) en 1928.
En 1936, il vote contre l'abrogation des listes électorales qui étaient réservées aux noirs de la province du Cap. Malan devient président de la chambre haute en [3]. Il meurt le au Cap.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
