Frank Høj est passé professionnel en 1995 au sein de l'équipe Collstrop. Il est spécialiste des courses pavés, terminant huitième du Tour des Flandres et dixième de Paris-Roubaix en 2004. Il prend sa retraite sportive à la fin de la saison 2010.
En juillet 2015, Høj admet s'être dopé à l'EPO durant sa carrière. Il déclare l'avoir fait au début de sa carrière et avoir arrêté après le déclenchement de l'affaire Festina en 1998[1].