En 1794, le général Sapiega participe activement à la préparation de l'insurrection de Kościuszko. Il reçoit le titre de lieutenant général et reçoit le commandement d'une division, mais refuse de prendre la tête de la révolte sur le grand-duché, aussi perd-il son poste de chef de division d'insurrection et il doit se contenter d'opérations militaires de moindre importance. Dans la même année, il finit par faire allégeance à Catherine II, évitant ainsi la confiscation d'une grande partie de ses domaines.
En 1795, Sapiha se rend à Saint-Pétersbourg et en 1796, réside quelque temps à Kherson et Perekop. Il participe au couronnement de Paul Ier. Quand le nouvel empereur de Russie émet le désir de se rendre à Saint-Pétersbourg en passant par la Biélorussie et la Lituanie, le prince Sapiega le reçoit dans son palais de Derezin.
En 1801, le prince Frantisek Sapieha, à la tête de la gentry de la région de Minsk, est présent au couronnement d'Alexandre Ier et demande une amnistie pour les émigrés polono-lituaniens, les participants au soulèvement et les conspirateurs de 1794.
Désormais retiré de la vie politique, Sapieha voyage à travers l'Europe et se rend souvent à Vilnius. Il est désormais l'un des propriétaires fonciers les plus importants de Lituanie et de Biélorussie. Il meurt dans son domaine de Dereczyn, le .
.jpg)
