Dès son arrivée au Mexique, il se rend au Guatemala avec Pedro de Alvarado en . Le , il est nommé curé de la paroisse de Guatemala. Le , il est nommé évêque de Santiago Sacatepéquez et, plus tard, gouverneur provisoire du Guatemala[1].
Fr. Francisco Marroquin, obispo de Guatemala, Doctrina christiana en lengua ulatleca, (doctrine chrétienne en langue ulatlèque, par François Marroquin, évêque de Guatemala), Mexico, 1566