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Le club est créé en 1966 par les épouses des joueurs du Hjørring Frems[2].
En 1991, le club recrute ses premières joueuses australiennes, Julie Murray et Carol Vinson[3].
En 2002-2003, le Fortuna participe à sa première Coupe d'Europe. Portées par son duo d'Australiennes, Alison Forman et Sharon Black, le club élimine Trondheim et Arsenal pour atteindre la finale, où il est dominé par les Suédoises de l'Umeå IK. Cette finale européenne constitue le meilleur résultat pour un club danois[3].
En 2009, la Jordanienne Stephanie Al-Nabr arrive à Hjørring et devient la première footballeuse professionnelle jordanienne[4].
En 2012, le club recrute l'internationale danoise Nadia Nadim, qui part en 2015 au Sky Blue FC avant de revenir au club pour la saison 2015-2016. Le club réalise alors le doublé coupe-championnat[5]. Nadia Nadim redécolle pour les États-Unis et rejoint les Portland Thorns.
En 2019, lors de la 5e journée de la seconde phase du championnat, elles ne parviennent pas à battre Brøndby malgré 80 minutes en supériorité numérique, et échouent à une frustrante 2e place au classement final[8]. Elles remportent malgré tout la Coupe du Danemark.
En 1982, le club crée la Dana Cup, compétition internationale de football réservée aux équipes de jeunes. Le Fortuna Hjørring s'appuie essentiellement sur son centre de formation, n'ayant pas les moyens financiers des grands clubs européens, ni même du rival danois Brøndby[2]. En 2020-2021, l'équipe du Fortuna en Ligue des Champions affiche une moyenne d'âge de 20,2 ans[12].
Le titre de champion du Danemark obtenu en 2002 permet au Fortuna Hjørring de se qualifier pour la Coupe de l'UEFA 2002-2003, où l'équipe atteint la finale, meilleur résultat pour un club danois en coupe d'Europe. Il faut attendre la saison 2010-2011 pour que le club retrouve la Ligue des Champions, grâce à son titre acquis en 2009 et à la réforme de la compétition qui qualifie désormais les deux meilleurs clubs danois. Le Fortuna se qualifie alors systématiquement, mais n'atteint les quarts de finale qu'en 2017.