Selon l'Office fédéral de la statistique, Fontainemelon mesurait 2,45 km2[1]. 20,9 % de cette superficie correspond à des surfaces d'habitat ou d'infrastructure, 39,8 % à des surfaces agricoles, 39,4 % à des surfaces boisées et 0,0 % à des surfaces improductives.
Fonds d'archives de la Commune de Fontainemelon (1518-2013). Cote : B.09. Commune de Val-de-Ruz : Service des archives de la Commune de Val-de-Ruz (présentation en ligne).