Le nom Flavobacterium vient du latin flavus, qui veut dire jaune. En effet, les premières bactéries du genre découvertes se multipliaient en créant des taches jaunes. L'étymologie du nom spécifique est la suivante : Fla.vo.bac.te.ri.um. L. masc. adj. flavus, jaune; N.L. neut. n. bacterium, un petit bâtonnet et en biologie une bactérie (appelé ainsi car les premières observées avaient une forme de bâtonnet; N.L. neut. n. Flavobacterium,une bactérie jaune[1].
Publication originale(en) DH Bergey, FC Harrison, RS Breed, BW Hammer et FM Huntoon, Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, Baltimore, The Williams & Wilkins Co, , 1re éd..