Cependant, les liens de Felix avec l'empereur lui attirent l'inimitié de Néron, qui voit en lui une menace pour son trône nouvellement acquis[1]. Dès , il accuse Sextus Afranius Burrus d'avoir conspiré avec l'affranchi Pallas afin de faire de Felix le nouvel empereur[3]. Sans fondement, cette accusation n'eut aucune suite[1]. Deux ans plus tard, un affranchi impérial accuse Felix, peut-être à l'instigation de Néron, de comploter pour tuer ce dernier[4]. L'empereur l'accuse également de dissimuler ses ambitions sous son « caractère apathique »[4]. Cette fois, l'accusation entraîne l'exil de Felix à Marseille[1].
Malgré son exil, Felix est toujours perçu comme une menace par Néron. En prétextant qu'il préparait une rébellion depuis Marseille en s’appuyant sur les armées de Germanie et d'Asie avec Rubellius Plautus, l'empereur charge alors son préfet du prétoire, Tigellin, d'assassiner Felix, en même tepps que Plautus[1]. Les assassins impériaux le tuent cinq jours plus tard et rapportent sa tête au palais impérial, à Rome, pour que Néron puisse s'en moquer en raison de sa calvitie et de la grisaille de ses cheveux. L'historien Tacite décrit le caractère de Felix comme « timide et méprisable » et affirme également qu'il était incapable de comploter contre Néron. Sa femme Claudia sera elle aussi exécutée sur ordre Néron en après avoir refusé de l'épouser[5].