Il travailla pour la collection d'antiquités de Cassel avant d'être nommé en octobre 1961 conservateur du musée des antiquités de sa ville natale. Il travailla aussi à la constitution d'une collection complète de moulages des sculptures du Parthénon pour la Skulpturhalle de Bâle, la transformant en lieu central de la recherche sur ce bâtiment antique.
Œuvres
Parthenon-Ostgiebel. Vorbemerkungen zu einer Rekonstruktion. Bouvier, Bonn 1959
Das Basler Arztrelief. Studien zum griechischen Grab- und Votivrelief um 500 v. Chr. und zur vorhippokratischen Medizin. Philip von Zabern, Mainz 1970
Parthenon-Kongress Basel. Referate und Berichte 4. bis 8. April 1982. (dir.) Philip von Zabern, Mainz 1984
Der Parthenon in Basel: 1. Dokumentation zu den Metopen. Philip von Zabern, Mainz 1986
Der Parthenon in Basel: Dokumentation zum Fries. Philip von Zabern, Mainz 1996
Antike Kunstwerke aus der Sammlung Ludwig. (dir.) 3 tomes. Philip von Zabern, Mainz 1979–1990
Der Entwurf des Künstlers. Bildhauerkanon in der Antike und Neuzeit. (dir.) Ausstellungskatalog Antikenmuseum Basel und Sammlung Ludwig. Antikenmuseum Basel und Sammlung Ludwig, Bâle 1992
Bibliographie
Margot Schmidt (Hrsg.): Kanon. Festschrift Ernst Berger. Vereinigung der Freunde antiker Kunst, Basel 1988 (S. VII–VIII Schriftenverzeichnis)
Peter Blome, Barbara L. Begelsbacher: Ernst Berger. In: Antike Kunst 50, 2007, S. 3–8 (mit Schriftenverzeichnis)
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