Emil Nielsen a débuté le handball à l'âge de 10 ans et c'est en 2015 au Aarhus Håndbold qu'il joue à seulement 18 ans ses premiers matchs professionnels. Et de belle manière puisqu'il est élu meilleur gardien de but du championnat du Danemark au terme de la saison 2015-2016. Si sa carrière a été un peu freiné à cause d'une méningite contractée en 2016, il est recruté par le Skjern Håndbold à partir de l'été 2017. Il se fait alors remarquer sur la scène internationale en réalisant de belles prestations, notamment en Ligue des champions[3]. Champion du Danemark en 2018, il connaît sa première sélection en équipe nationale danoise le face à la France lors de la Golden League.
Alors qu'il était encore engagé pour deux ans avec Skjern, le HBC Nantes rachète son contrat pour qu'il rejoigne le club à l'été 2019[4],[5].
Profitant de l'absence de Cyril Dumoulin, en reprise après sa grave blessure en janvier, Emil Nielsen n'a pas tardé à se révéler sous les couleurs du H : auteur de 39 arrêts en quatre rencontres, le gardien de but a pris les commandes du classement des gardiens et a été désigné joueur du mois de septembre[6].
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