Il quitte l'université Érasme lorsque l'université de Nyenrode le recrute en 1994, pour occuper un poste de professeur d'économie financière. Il est nommé en 1995 à la direction de l'Institut Nyfer, spécialisé dans la recherche économique.
Très brève carrière ministérielle
Il adhère en à la Liste Pim Fortuyn (LPF) et quitte en conséquence le PvdA. Le , Eduard Bomhoff est nommé à 60 ans Vice-Premier ministre, ministre de la Santé, du Bien-être et des Sports dans le premier cabinet du chrétien-démocrate Jan Peter Balkenende.
Il s'oppose très rapidement au ministre des Affaires économiques Herman Heinsbroek, tous deux cherchant à prendre le contrôle de la LPF. Finalement, ils démissionnent le et causent la chute du gouvernement.
Retour à l'université
Il quitte la LPF en 2003 et met un terme à sa carrière politique. Il fait son retour dans l'enseignement supérieur en obtenant un poste de professeur de développement macro et micro-économique à l'université de Barhein en suivant. Depuis , il enseigne l'économie asiatique à l'université de Kuala Lumpur.