En effet, lors de l'indépendance de la Moldavie en 1990, la population principalement russophone craignait un rapprochement avec la Roumanie. Le , la partie orientale du Dniestr refuse alors le nouveau drapeau moldave. Le , la république de Transnistrie moldave (RTM) est proclamée unilatéralement république soviétique. Elle conserve alors le drapeau où figure la faucille et le marteau, emblèmes du communisme.
Après une guerre civile en 1992, la région reste intégrée dans la Moldavie mais bénéficie d'une certaine autonomie : elle se dote d'une constitution le après un référendum organisée dans la région et choisit officiellement ses propres emblèmes par une loi datant de .
Le drapeau d'État, reprend exactement l'ancien drapeau mais le revers est différent car il est vierge de symboles.