Après ses études en Australie, elle retourne en Ouganda et travaille comme chargée de cours auprès des étudiants de quatrième année en pharmacie à l'Université Makerere, de 1997 à 1999. Elle est directrice générale du Joint Medical Store, un entrepôt pharmaceutique appartenant au gouvernement, de 1997 à 2008. De septembre 2008 à janvier 2013, elle est directrice exécutive du Ecumenical Pharmaceutical Network, le Réseau pharmaceutique œcuménique, basé à Kampala en Ouganda[4]. Elle est ensuite consultante pharmaceutique et en gestion privée de 2013 à 2016[3]. En 2016, elle est nommée directrice exécutive de la National Food and Drug Authority(en) (NDA), en remplacement de Gordon Katende Ssematiko, qui a été licencié pour corruption[5],[6]. Elle est nommée à ce poste en janvier 2016[5],[7]. Sa nomination en tant que directrice exécutive est suspendue par la Haute Cour d'Ouganda à la suite d'une décision de 2017. Cette suspension est maintenue par l'ordonnance de la Cour d'appel[8]. Puis la Haute Cour de Kampala confirme la révocation de Donna Asiimwe Kusemererwa du poste de directrice exécutive de la National Drug Authority[9].
