Le département de la Guerre fut intégré dans le National Military Establishment le , établissement remplacé par l'actuel département de la Défense le . Le département de la Guerre fut renommé en département de l'Armée. Le National Military Establishment, puis plus tard le département de la Défense, coiffèrent alors les trois départements militaires du gouvernement fédéral : le département de l'Armée, responsable de l'US Army, le département de la Marine et le nouveau département de la Force aérienne. En effet, au même moment, les forces aériennes (United States Army Air Forces) furent séparées de l'Armée de terre et devinrent l'US Air Force.
Le secrétaire à l'Armée et le secrétaire à la Marine perdirent leur place au Cabinet présidentiel au profit du nouveau secrétaire à la Défense.