La Coupe des clubs champions européens 1968-1969 est la quatorzième édition de la compétition. Le tournoi se termine le par la finale au Stade Santiago Bernabéu à Madrid. Celle-ci est remportée 4-1 par le Milan AC contre l'Ajax Amsterdam.
Crise politique dite « des tirages au sort »
L'opposition lors de la Guerre froide entre le bloc de l'Ouest et le bloc de l'Est conduit à une crise au sein de l'UEFA. Après un premier tirage au sort, certains clubs refusent de rencontrer des clubs issus des pays de l'Est en raison de l'invasion de la Tchécoslovaquie par le Pacte de Varsovie en août 1968. L'UEFA décide d'effectuer un deuxième tirage au sort en séparant les clubs des deux blocs. Certains clubs du bloc de l'Est (FC Carl Zeiss Iéna, Levski Sofia, Ferencváros, Dynamo Kiev et Ruch Chorzów) se retirent alors de la compétition en signe de protestation contre cette décision[1].
À la suite de la « crise des tirages au sort » au premier tour, les équipes de l'AC Milan et du Benfica sont exemptées et se trouvent directement qualifiées pour les quarts de finale.