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Les Templiers et les Hospitaliers sont présents à Arbois au XIIIe siècle mais tous les deux à l'extérieur de la ville. L'ordre du Temple avait installé sa commanderie au nord de celle-ci, entre Vilette-les-Arbois et l'ancien village de Changin[2] alors que les Hospitaliers étaient au sud. La maison de l'Hôpital se trouvait sur l'autre rive de la Cuisance, l'actuel quartier Saint-Jean[3].
En 1373 et malgré la dévolution des biens de l'ordre du Temple, les deux maisons ne sont toujours pas réunies. L'ancienne maison des Templiers (Domus Templi de Arbosio) est un membre de la commanderie de Dole[4] alors que la maison de l'Hôpital (Domus Sancti Johannis de Arbosio) est un membre de la commanderie de Varessia et le lieu de résidence de son commandeur[5].
Après un dernier remembrement, la maison de Saint-Jean d'Arbois devient l'une des 56 commanderies du grand prieuré d'Auvergne et Varessia l'un de ses membres.
Organisation
Ordre du Temple (jusqu'en 1307)
La maison de Besançon dépendait de cette commanderie[6] mais elle fut rattachée à la commanderie de Falletans (Dole) avant la fin du XIIIe siècle[7].
Gérard Moyse, « Les hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem dans le diocèse de Besançon en 1373 », Mélanges de l'Ecole française de Rome. Moyen-Age, Temps modernes, vol. 85, no 2, , p. 455-514 (lire en ligne)
Louis Stouff, Les comtes de Bourgogne et leurs villes domaniales : étude sur le régime communal, forme de l'exploitation seigneuriale, d'après le cartulaire de la ville d'Arbois, suivie du texte de ce cartulaire, de pièces annexes, de notes et de tables, XIIIe et XIVe siècles, Paris, Librairie de la Société du « Recueil général des lois et arrêts » et du « Journal du Palais », , lire en ligne sur Gallica
César Lavirotte, Congrès archéologique de France, séances générales tenues à Dijon en 1852 : Mémoire statistique sur les établissements des Templiers et des Hospitaliers de Saint-jean de Jérusalem en Bourgogne, XIXe session, , 398 p. (lire en ligne)
Emmanuel Bousson de Mairet, Annales historiques et chronologiques de la ville d'Arbois, département du Jura, depuis son origine jusqu'en 1830, , lire en ligne sur Gallica.
Société Archéologique de France, Séances générales, vol. 19, Picard, (lire en ligne)