Sous l'autorité du chef d’État major de la Marine (CEMM), CECMED est commandant de la région et de l’arrondissement maritime Méditerranée où l’on trouve notamment la base navale de Toulon et sa cellule anti-pollution ainsi que les commandements de la Marine (COMAR) à Marseille et à Ajaccio.
CECMED, commandant interarmées en Méditerranée
Sous l’autorité du Chef d'État-Major des armées (CEMA), CECMED, en tant que commandant de zone maritime, est chargé du contrôle opérationnel des forces déployées en Méditerranée (exemple de l'opération Baliste au Liban débutée en ).
En Méditerranée, CECMED dispose du relais des attachés de défense et navals.
Un amiral, trois fonctions
La fonction de préfet maritime de la Méditerranée est confiée par décret[1] à l’amiral commandant la zone maritime Méditerranée.