De retour en Suède l’année suivante, il devient conservateur à l’Académie royale des sciences de Suède, en remplacement d’Anders Sparrman (1748-1820) parti pour une expédition dans l’Afrique de l’ouest. Hornstedt réalise alors l’un des plus anciens catalogues des collections de cette institution. Mais l’expédition de Sparrman tourne court et Hornstedt part enseigner l’histoire naturelle à Linköping. En 1796, il entre dans la marine suédoise et est fait prisonnier par les Russes durant la guerre opposant à la Suède à la Russie. Il devient alors médecin chef de l’hôpital russe de fort Sveaborg. Anders Jahan Retzius (1742-1821) lui dédie le genreHornstedtia.
Sources
Erik Åhlander, Sven O. Kullander & Bo Fernholm (1997). Ichthyological Collection Building at the Swedish Museum of Natural History, Stockholm. in Collection building in ichthyology and herpetology (T.W. Pietsch et W.D. Anderson, dir.), American Society of Ichthyologists and Herpetologists : 13-25. (ISBN0-935868-91-7)