Elle fut construite sur l'ordre de Ferdinand d'Aragon et Isabelle de Castille car ils voulaient être enterrés dans la ville où avait eu lieu leur plus grande victoire sur les musulmans. En effet, la prise de Grenade met fin à la présence musulmane en Espagne en 1492. C'est Enrique de Egas qui se voit confier la construction de la chapelle. La chapelle fut édifiée de 1506 à 1521[1].
On y trouve deux doubles sarcophages qui ne sont que des cénotaphes car les cercueils se trouvent dans une crypte située juste sous la chapelle.
Cette crypte contient dans des cercueils de plomb les restes des Rois catholiques :