Diplômé de l'Académie néerlandaise du cinéma, il travaille comme technicien avant d'entreprendre la réalisation de documentaires. Il tourne des « portraits » ou des essais sur le comportement quotidien des gens.
Il s'oriente ensuite vers la réalisation de dramatiques télévisées, ainsi que de films pour le cinéma, s'attachant toujours à traiter objectivement des sujets de société : hooliganisme, accession des jeunes peuples à l'indépendance.
En 1989, Mon père vit à Rio obtient un succès international. Considéré alors comme l'un des plus intéressants cinéastes des Pays-Bas, Ben Sombogaart se spécialise dans des films destinés à la jeunesse ou traitant de problèmes liés à l'enfance.
Selon Ben Sombogaart, « Trop souvent, les adultes sous-estiment les enfants. Car ces derniers comprennent plus que les adultes qui, souvent, ignorent l'avis des enfants, ou ne prennent pas leur opinion au sérieux. »[réf. nécessaire]