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Il rejoint ce groupe en 2002 en tant que guitariste, et participe à l'enregistrement du cinquième album studio, Phrenology, qui sera couronné de succès. Il quittera cependant la bande peu après la sortie de cet album pour rejoindre Incubus, et sera remplacé au sein de « The Roots » par le guitariste "Captain" Kirk Douglas.
Ben Kenney débarque dans le groupe américain Incubus en 2003, à la suite du départ du bassiste Alex Katunich (alias Dirk Lance), parti après la tournée de l'opus « Morning View », pour divergences musicales avec le reste de la bande.
Son arrivée au sein du groupe aura également été grandement influencée par sa participation au projet « Time Lapse Consortium », un supergroupe créé par le guitariste et le batteur d'Incubus, Mike Einziger et Jose Pasillas, au début de 2003. Bien que ce groupe éphémère ne donna qu'un seul concert, il attira un nombre considérable de fans lors de ce spectacle au « Roxy Theater » (le 24 janvier), avant que les membres ne se remettent chacun à leurs projets respectifs, juste après une seconde représentation à la Knitting Factory de New York (le 29 août).
La sortie de A Crow Left of the Murder... (2004) marquera un tournant dans le son d'Incubus, les tights riffs de Kenney remplaçant dès lors les funky basslines de Dirk Lance.
multi-instrumentiste, Kenney joue couramment de six instruments, et notamment de la batterie dont il partage occasionnellement les solos sur scène, avec Jose.
